El pepino se distingue de las otras especies de Cucumis por su número de cromosomas (2n = 14)
El pepino pertenece a la familia de las Cucurbitaceae, su especie se denomina Cucumis sativus L. Es originario de Asia. Lo que es característico es que es una planta anual, monoica , o sea que hay flores estaminadas y pistiladas en el mismo individuo. El tallo es postrado/rastrero, ramificado, anguloso, y con zarcillos, fruto en baya de tamaño muy variable, es generalmente oblongo, de cilíndrico a subtrígono, de color verde y esparcidamente tuberculado cuando inmaduro, luego amarillo verdoso y liso; frutas como la sandía y el melón pertenecen, junto con hortalizas comunes como el calabacín o la calabaza, a esta misma familia. El epicarpio es duro de color verde oscuro o amarillo. La pulpa es de color blanquecino, bastante acuosa y de sabor refrescante. Posee semillas repartidas por todo el fruto, son muy definidas en los frutos originados por polinización y ausentes en los frutos partenocárpicos. Las semillas son ovaladas, aplanadas de color blanco amarillento y de tamaño mediano. Hay diferentes especies de pepinos (Cucumis spp.), la mas utilizadas para comer frescas son los pepinos (Cucumis sativus), otras especies como (Cucumis anguria) son usadas para conservas de vinagre.